故事发生5年之后。曾经的地球残疾军人杰克（萨姆·沃辛顿 饰），如今已经是潘多拉星球纳美族一方部族的族长，并且与爱妻娜塔莉（佐伊·索尔达娜 饰）共同育有一对可爱的儿女，日子过得平淡而充实。那个时候的地球，生态环境已经因为人类的种种破坏而濒临崩溃，各种大小天灾接连不断，必须依靠去外星强取豪夺各类资源才能勉强维持生存，而潘多拉星球的宝贵矿产和自然资源，也许是能够挽救地球的重要力量，更是他们觊觎已久的对象。
然而某天，有个部族的兄弟在海岸附近巡逻时遭到利器割喉身亡。通过现场勘查，以及作为前海军陆战队员的敏锐直觉，杰克判断已经有人类的阿凡达混入了部落，一场大战又要触发。
